I painformuar për gjyqet speciale ndaj ish-zyrtarëve, Mirash Ivanaj u kthye në atdhe në tetor 1945, pas arratisë me mbretin Zog dhe më pas me Qemal Butkën në Greqi, në Turqi, Liban, Egjipt e deri në Jerusalem. Antari i Këshillit Antifashist Nacional-çlirimtar Gjergj Kokoshi i dërgoi një letër, ku e ftoi të kthehej, duke i dhënë garanci personale e shtetërore dhe duke nënvizuar nevojën e madhe, që kishte vendi pas luftës për mësues si ai. Pleqëria e zuri beqar, ndaj Mirashi mendoi të afrohej në vend të vet, duke besuar se regjimi komunist nuk do të kapej me një plak të vetmuar. Kthimin e tij e njoftoi[1] edhe gazeta komuniste Bashkimi: “Erdhi në Shqipëri Dr.Mirash Ivanaj, ish-ministër i arsimit në kohën e kaluar, i cili gjatë okupacionit italian dhe gjerman qëndroi në mërgim”.
Ky njoftim i thatë, i vendosur përkrah me lajme tenisi, kinemaje dhe orare autobusësh, e paralajmëroi ashtu fatkeqësinë që i gjeti pak muaj më pas Mirashin dhe vetë Gjergjin. U kthye me mjete të ndryshme transporti e në fund edhe mbi një kamion drithi deri në Elbasan. Aty iu ngjit një partizan i vogël deri në hotel Kontinental. Gjeti mikpritje e madhe nga intelektualët e mbetur. Përshëndetje nga studentët e tij të Shkodrës, Tiranës, dhe Vlorës. Skënder Luarasi e ftoi të kandidojë për deputet, siç kandidoi edhe vetë në Kolonjë dhe u zhgënjye. Mirash Ivanaj ishte drejtor i gjimnazit të Shkodrës. Diplomuar dy herë në Universitetin e Romës për letërsi dhe drejtësi. Mirashi ishte mësues matematike në gjimnazin e Tiranës dhe të Shkodrës, por dha edhe lëndët e tjera, duke zëvendësuar mësuesit që mungonin. Ai ishte filozof dhe letrar. Mirashi ishte ministër i arsimit nga janari 1933 me kryeministër Pandeli Vangjelin dhe për dy vjet e gjysmë bëri reforma të mëdha në arsim, por iku me dorëheqje. Deri në 1939 ishte kryetar i Këshillit të Shtetit. U arratis në Turqi, dhe u kthye në Shqipëri në vjeshtë të vitit 1945. Ai e quante veten idealist naiv për këtë vendim. Mendoi të punonte mësues në atdhe, se kurbeti ishte i keq, dhe nuk jetonte dot me borxhe, së dyti donte të rimerrte bibliotekën personale, që besonte se e kishin dërguar në Bibliotekën Kombëtare. Sejfulla Malëshova ftoi në të njëjtën mënyrë Fan Nolin, që të kthehej nga Sh.B.A-të dhe ai mund të kishte ardhur, nëse nuk do të dënohej vetë Sejfullai.
Gjergj Kokoshi, i cili më vonë u pushkatua si bashkëpunëtor me të, i propozoi detyra të ndryshme, por ai pranoi vetëm mësues në shkollën pedagogjike, ish Institutin Femëror. Ndërkohë vazhdonin burgosja dhe vrasja e intelektualëve, mes të cilëve edhe Gjergj Kokoshi. Një seri gjyqesh: gjyqi special, gjyqi i deputetëve, gjyqi i klerikëve, gjyqi i grupeve të rezistencës, gjyqi i “sabotatorëve”, gjyqi i “agjentëve anglo-amerikanë”, vrasje pa gjyqe dhe në hetuesi. Plot 20 muaj pas kthimit, u arrestua edhe Mirash Ivanaj. Drejtoresha e shkollës pedagogjike, Qibrije Ciu, shkroi në karakteristikën e tij: “Është mësues i palodhur dhe shumë i aftë, por indiferent ndaj sindikatave dhe mitingjeve”. Lazër Radi dhe autorë të tjerë shkruan edhe për një takim të Mirash Ivanajt me Enver Hoxhën në zyrat qendrore të partisë. Ministri reformator ia kish prerë dikur bursën shtetërore studentit Hoxha për rezultate tepër të dobëta qysh në vitin e parë të studimeve për biologji në Francë. Ai i tha diktatorit se nuk ia kujtonte emrin, në morinë e listave me studentë, që nuk mësonin sa duhej, por e siguroi se prerja e bursës ishte një masë e drejtë për ata më të dobëtit, që nuk mësonin fare dhe i harxhonin paratë e shtetit për argëtime. Por studenti me Universitetin e ndërprerë qysh në vit të parë arriti deri në majën e piramidës së diktaturës dhe nënshkroi lista të gjata me dënime të profesorëve dhe miqve të tij. Mirash Ivanaj u arrestua më 15 maj 1947 me urdhër gojor të Koçi Xoxes, dhe pas 4 ditësh iu ngrit akuza si agjent i anglo-amerikanëve në bashkëpunim me Ali Bakiun, Gjergj Kokoshin; të dy anëtarë të këshillit antifashist. Gjyqi filloi më 11 shkurt 1948, pas 270 ditë torturash. Në dosjen e tij janë emrat e prokurorëve më të egër, Petrit Hakani, Nevzat Haznedari dhe gjyqtarëve Abdyl Hakiu, Shaban Rexha, Sali Çela.Vendimi u dha pas 10 muajsh gjyq e tortura të tjera. Sipas nenit 3 paragrafit 8 dhe nenit 8 të ligjit famëkeq 372, Ivanaj u dënua me 7 vjet burg, 5 vjet të tjera me humbje të të drejtave politike dhe konfiskim të pasurive, për të cilat nuk do të kishte më nevojë.
Në Mesagjerinë e burgut Mirashi kryesoi një grup përkthyesish nga kultura të ndryshme, që pyeteshin gjithmonë për problemet e ortografisë, meqë ende nuk kishte ndonjë rregull për këto. Krahas Ivanajt të padiskutueshëm në “komisionin e ortografisë” ishin Ibrahim Biçaku, Et’hem Cara, Veniamin Dashi, për gjermanishten, Ali Cungu për anglishten, dhe disa profesionistë për të gjitha gjuhët e botës. Por drejtori i burgut Mertika Gjika, raportoi në degën e punëve të brendshme se ky komision ortografie ishte një “kabinet qeverie”. Informacionin e tij e mbështetën disa të burgosur nga shokët e Koçi Xoxes, si Niko Opari, i cili bëri gjithçka për të dalë nga burgu. Ky raport shërbeu që të zgjateshin dënimet për shumë prej përkthyesve të burgosur, duke marrë shkas nga komisioni që ata krijuan në Mesagjeri për njëjtësimin e ortografisë. Regjimi e dënoi prof. Ivanaj vetëm 5 vjet burgim nën akuzat si agjent i imperializmit, duke menduar se nuk do t’i kryente dot deri në fund prej moshës së vjetër dhe kushteve mizore të burgjeve. Ai ndërroi jetë pikërisht ditën që do të lirohej. Sipas dëshmisë së Beqir Ajazit, profesorin e helmuan dhe raporti i drejtorit Mertika e çoi në varr. “E kishin helmuar!… Vetë fytyra e të vdekurit shfaqje kontraksione të kësaj natyre” – shkroi Ajazi në kujtimet e tij. Sipas Lazër Radit, profesor Ivanaj vdiq në burg më 23 shtator 1953, në fund të dënimit, nga një ngatërrim zorrësh, i lënë qëllimisht pa asnjë mjekim.
